الأمانة العامة هي تحت مسؤولية الأمين العام ، و هي المسؤولة عن تشغيل الهياكل الإدارية و المالية للمدرسة .
وفقا للقرار الوزاري المشترك المؤرخ في 25 فبراير 2018 الذي يحدد التنظيم الإداري للمدرسة العليا وطبيعة مصالحها التقنية وتنظيمها، يكلف الأمين العام بما يأتي :
- السهر على تسيير المسار المهني لمستخدمي المدرسة.
- السهر على السير الحسن للمصالح التقنية.
- ضمان متابعة تمويل أنشطة البحث لوحدات و مخابر البحث.
- إقتراح برامج الأنشطة الثقافية و الرياضية و ترقيتها.
- ضمان متابعة برامج إنجاز الهياكل و اقتناء التجهيزات.
- ضمان متابعة مخطط الأمن الداخلي للمدرسة.
- السهر على تزويد هياكل المدرسة و مصالحها التقنية بوسائل السير و صيانة الممتلكات المنقولة والغير المنقولة.
- السهر على مسك سجلات الجرد.
- تحضير مشروع ميزانية المدرسة ومتابعة تنفيذها.
- متابعة قضايا محل النزاع أمام الجهات القضائية.
و يساعد الأمين العام الذي يلحق به مكتب الأمن الداخلي كل من :
- نائب مدير المستخدمين والتكوين والنشاطات الثقافية والرياضية.
- نائب مدير المالية والوسائل.
